home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00598 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  2.2 KB  |  49 lines
  1. ****************************************
  2. * AP endonucleases family 1 signatures *
  3. ****************************************
  4.  
  5. DNA damaging agents such as the antitumor drugs bleomycin and neocarzinostatin
  6. or those  that  generate  oxygen radicals produce a variety of lesions in DNA.
  7. Amongst these  is  base-loss  which  forms apurinic/apyrimidinic (AP) sites or
  8. strand breaks with atypical 3'termini. DNA repair at the AP sites is initiated
  9. by specific   endonuclease  cleavage  of  the  phosphodiester  backbone.  Such
  10. endonucleases are  also generally capable of removing blocking groups from the
  11. 3'terminus of DNA strand breaks.
  12.  
  13. AP endonucleases  can be classified into two families on the basis of sequence
  14. similarity. What we call family 1 groups the enzymes listed below [1,2].
  15.  
  16.  - Escherichia coli exonuclease III (EC 3.1.11.2) (gene xthA).
  17.  - Streptococcus pneumoniae exonuclease A (gene exoA).
  18.  - Mammalian AP endonuclease 1 (AP1).
  19.  - Drosophila recombination repair protein 1 (gene Rrp1).
  20.  
  21. Except for Drosophila Rrp1, these enzymes are proteins of about 300 amino-acid
  22. residues. Rrp1 is a  protein of 679 residues consisting     of two domains: an
  23. N-terminal domain of about 370 residues, similar to no known protein, and a C-
  24. terminal domain  of  about  300  residues which belongs to the AP endonuclease
  25. family 1.
  26.  
  27. We developed three signature patterns for this family of enzymes. The patterns
  28. are based on the most conserved regions; their  biological significance is not
  29. yet known.
  30.  
  31. -Consensus pattern: [AP]-D-[LIVMF](2)-x-[LIVM]-Q-E-T-K
  32. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  33. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  34.  
  35. -Consensus pattern: D-[ST]-F-R-H-x(8)-[FYW]-[ST]-[FYW](2)
  36. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  37. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  38.  
  39. -Consensus pattern: N-x-G-x-R-[LIVM]-D-[LIVMFY]-x-L-x-S
  40. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  41. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  42.  
  43. -Last update: December 1992 / First entry.
  44.  
  45. [ 1] Robson C.N., Hickson I.D.
  46.      Nucleic Acids Res. 19:5519-5523(1991).
  47. [ 2] Sander M., Lowenhaupt K., Rich A.
  48.      Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 88:6780-6784(1991).
  49.